Después de la huida de Sasuke, Naruto marchó con Jiraiya para entrenar, y regresa a Konoha dos años y medio después. En el anime se intercala una serie de sagas de relleno en este período. Naruto, efectivamente, crece tanto en tamaño, como en fuerza y madurez, al igual que todos sus antiguos compañeros, como comprueba al ir encontrándoselos de nuevo, y dándose cuenta de que han llegado a chūnin y Jonin mientras que el se quedo como Genin debido a que entrenando con Jiraiya no presentó su examen chūnin.
Rescate del Kazekage
Cuando Naruto regresa a Konoha, los miembros restantes del Equipo 7 se reagrupan en el Equipo Kakashi. Como primer orden del día, Kakashi les asigna de nuevo el reto de los cascabeles, esta vez su único objetivo será obtener un cascabel, pero hará el uso de su Sharingan contra ellos. Aunque sus habilidades mejoraron, Naruto y Sakura aun no consiguen derrotar a Kakashi, y toman como amenaza de arruinar el final de la última novela Icha Icha lo que les da tiempo para conseguir un cascabel, ya que Kakashi estaba distraído. Naruto vuelve a ver a sus viejos amigos, quienes ya eran Chūnin, y luego se le notifica que Gaara, el nuevo Kazekage, fue secuestrado por Akatsuki, así que Naruto y el Equipo Kakashi se dirigen a su rescate.
Al llegar a la Aldea Oculta de la Arena, Chiyo fue añadida al Equipo Kakashi como asesor para rastrear la localización de Akatsuki. En el camino, se encontraron con un cuerpo-doble de Itachi Uchiha, y se ven en la necesidad de luchar, Naruto es atrapado por un genjutsu de Itachi, pero más tarde es liberado y pelea junto conKakashi, finalmente Naruto acaba con él gracias a su Odama rasengan , que después Chiyo notifica que el cuerpo usado era el de un shinobi de la arena llamado Yūra. Al llegar a la guarida de los Akatsuki, el Equipo Kakashi con ayuda del equipo de Maito Gai, lograron retirar los sellos para que después Sakura pudiera derribar la puerta principal. Al entrar en la guarida, encontraron el cuerpo de Gaara en la posesión de Deidara y Sasori. Cuando Deidara se lleva a Gaara volando, Kakashi y Naruto lo persiguen dejando a Chiyo y Sakura con Sasori.
Deidara trata de deshacerse de Kakashi para quedarse solo con el jinchūriki del Kyūbi, pero Kakashi con su Mangekyo Sharingan logra cortarle un brazo a Deidara. Cuando Kakashi intenta mandar a Deidara a otra dimensión, éste lo esquiva pero Naruto lo usa como distracción y lo ataca con un Rasengan liberando el cadáver de Gaara. Naruto al ver como Deidara se burla de él por no haber podido salvar a Gaara, enfurecido crea clones de sombras y lo somete contra el suelo dándole golpes y rematándolo con un Rasengan, pero Deidara logra hacer un Jutsu de clon para salvarse del golpe final, y Naruto aún más furioso libera 2 colas buscando a Deidara, pero Kakashi logra suprimir el chakra del Kyūbi con el sello que le dio Jiraiya. Después el equipo de Maito Gai localiza a Deidara gracias al Byakugan deNeji Hyūga, inmediatamente el Equipo Kakashi y Chiyo van al lugar y se enfrentan con el Akatsuki, pero Deidara logra hacer un clon de bomba suicida para poder escapar, ante esto Kakashi se ve en la necesidad de volver a usar su Mangekyo Sharingan y mediante su Kamui logra mandar a otra dimensión la explosión de Deidara, salvándose ellos mismos de la explosión.
Aunque Sakura intentó curar a Gaara, ya había muerto debido a la extracción del Bijū por parte de Akatsuki. Naruto enojado porque Gaara había muerto por ser un jinchūriki, algo que él nunca había pedido y que a causa de eso había sufrido toda su vida, culpó a Chiyo, porque ella fue quien selló el Shūkaku en Gaara. Para compensar lo que había hecho, Chiyo, con la ayuda de Naruto decidió devolverle la vida a Gaara, a costa de la suya. Gaara despertó rodeado de sus amigos, y junto con ellos volvieron a la Aldea Oculta de la Arena. Al volver allí todos los aldeanos recibieron al Kazekage con una muy cordial bienvenida. Naruto al irse de la aldea, le da la mano a Gaara como un signo de su amistad. Finalmente el Equipo Kakashi junto con el equipo de Maito Gai, regresan a la Aldea Oculta de la Hoja.
El Reencuentro con Sasuke
Durante la batalla de Sakura contra Sasori, se enteró de que había un espía con Orochimaru, una oportunidad para ellos de encontrar a Sasuke tras muchos años de ausencia. Kakashi quedó hospitalizado por el uso excesivo de suMangekyō Sharingan, por lo que Yamato fue asignado para liderar el Equipo Kakashi en su lugar, con el nombre de Yamato, puesto por la Godaime. Sai se integró en el equipo como reemplazo de Sasuke, pero debido a su actitud, ni Naruto, ni Sakura, estaban dispuestos a tenerlo como compañero.
Cuando llegaron al lugar, encontraron que el espía era en realidad Yakushi Kabuto. Yamato, disfrazado de Sasori, habló con él, pero la plática no duraría mucho ya que Orochimaru los interrumpiría con su llegada. Kabuto, a la vez, se volvió en contra de Yamato atacándolo y sabiendo que no era más que un impostor. Yamato se vió obligado a llamar a su equipo, ya que Orochimaru ya se había percatado de ellos. Orochimaru sorprendido al ver a Naruto, lo hace enfurecer al preguntarle si se había hecho tan fuerte como "su Sasuke". Naruto enfurecido al escuchar que el Sannin habló como si Sasuke le perteneciera, liberó 3 colas y lo atacó.
Orochimaru fue capaz de evadir los ataques de Naruto. Además de su inestabilidad, Naruto avanzó a la cuarta cola, perdiendo totalmente el control en sí mismo y llenándose de ira. Naruto al no ver a Orochimaru, atacó a Sakura, pero dándole un rasguño sin importancia. Yamato lo detuvo antes de que pudiera hacer un daño más grande y obligó a la influencia del Kyūbi a retroceder. Cuando Naruto despertó, se dió cuenta de que Sai estaba ahora del lado de Orochimaru. Lo siguieron con la esperanza de que los llevara a Sasuke, y para ver lo que estaba haciendo. Durante un receso, Yamato le contó a Naruto como él había atacado a Sakura, y le comentó que si quería proteger a las personas cercanas a él, no debía confiar en el poder del Kyūbi.
Cuando llegaron al escondite de Orochimaru, se infiltraron a la guardia y capturaron a Sai. Éste les reveló que sus superiores lo habían enviado para ayudar a organizar una nueva invasión a Konoha. Sai, que se reunió previamente con Sasuke, le preguntó a Naruto el porqué de traerlo de vuelta a la Aldea de la Hoja, Naruto le explicó que entre ellos dos había un lazo que no podía ser roto, y que arriesgaría su propia vida con tal de proteger este lazo. Intrigado, Sai cambio de bando, recorriendo el lugar para encontrar a Sasuke y llevarlo con Naruto. Tuvo éxito, pero fue atacado por Sasuke, y la magnitud del ataque atrae a Sakura, Naruto y Yamato enseguida.
Al volver a verlo, Naruto trata de convencer a Sakura de llevarlo de nuevo a la Aldea de la Hoja. Sasuke se niega, a lo que el Equipo Kakashi y Yamato se ven en la necesidad de atacarlo. Sus esfuerzos fueron en vano, y Naruto, en su incapacidad de suprimir al Kyubi no puede hacer mucho. En su subconsciente, Naruto le dijo al monstruoso ser que no quería su ayuda de nuevo, pero no fue hasta que entró Sasuke en su subconsciente y suprimió el poder del Kyūbi en Naruto. Después de eso Sasuke trató de acabar con sus ex-compañeros con un jutsu desconocido. Fue detenido por Orochimaru, más sin embargo, se retiraron y dejaron solo al Equipo Kakashi junto con Yamato.
Los Inmortales Hidan y Kakuzu
Kakashi, con la esperanza de preparar mejor a Naruto para su próximo encuentro con Sasuke, lo entrena en un nuevo jutsu basado en su elemento Futon (viento). En el anime, este entrenamiento inició antes y en el transcurso de la saga El Templo de Fuego, en la que Naruto la lleva a cabo con Asuma y Sora, otros dos usuarios del elemento viento. Kakashi le comentó a Naruto que sí el solo llevaba a cabo el entrenamiento lo demoraría mucho, así que lo aconsejó a que realizara el entrenamiento con clones de sombra para que su manipulación con el viento fuera mucho más rápida. Cuando Naruto logra manipular el viento, Kakashi le deja la tarea de que lo combine con su Rasengan. Kakashi le explicó a Naruto que la intención de Minato cuando creo el Rasengan fue la de combinarlo con su elemento viento, pero nunca lo logró.
Mientras que Naruto se esforzaba en crear su nuevo Jutsu, el resto de Konoha se movilizó para hacerle frente a los dos miembros de Akatsuki,Hidan y Kakuzu. Cuando los dos Akatsuki lograron matar a Asuma,Kakashi le ordena a Yamato a que supervise el entrenamiento de Naruto, mientras que este le ayuda al Equipo 10 a vengar a Asuma. Una vez que Naruto logra alcanzar su meta, el Equipo Kakashi y Yamato asisten a la pelea, llegando a tiempo logran salvar a Kakashi y al Equipo 10 de los ataques de Kakuzu. Naruto logra llevar a cabo su Fūton: Rasen Shuriken con el cual ataca a Kakuzu, pero falla por demorarse demasiado al realizar la técnica, pero en un segundo intento logra tomar por distracción al Akatsuki y lo golpea con su técnica así destruyendo dos de sus corazones, mientras que Kakashi lo remata con su Raikiri dejándolo muerto.
Al regresar a la Aldea de la Hoja, Tsunade le prohíbe a Naruto a que vuelva a utilizar su Fūton: Rasen Shuriken, ya que esta técnica ataca los nervios que unen a las células del cuerpo lo cual es irreparable para la medicina ninjapor tanto dicha técnica dañaría su brazo derecho devastadoramente. Naruto se da cuenta de esto, pero afirma que nadie conoce mejor su cuerpo más que él.
Caza de los Uchiha
Tras la noticia de que Orochimaru había muerto en manos de Sasuke, el Equipo Kakashi decide hacer otro intento de buscarlo. Al saber que Sasuke iría tras Itachi, el Equipo Kakashi se unió con el Equipo 8 para encontrar a los hermanos Uchiha. Al recorrer el bosque, Naruto, Hinata y Yamato encontraron a Kabuto, quien se había implantado algunos de los restos de Orochimaru. Como agradecimiento de que Naruto le abrió los ojos, de que podría superar a su maestro, Kabuto le dió a este un libro que contenía información sobre Akatsuki.
Después de reagruparse de nuevo, Kiba encontró el aroma de Sasuke disperso por todos lados, Naruto mediante clones de sombra fue en dirección de los diferentes aromas para así encontrar fácilmente al Uchiha. Uno de los clones de Naruto se encontró con Itachi, quien evadió todos sus intentos de ataque ya que solo quería dialogar con él. Itachi al ver que este se abstenía de hablar con él, lo atrapó en un genjutsu preguntándole porque tenía tanto interés en Sasuke a lo que Naruto respondió que lo consideraba como a un hermano y que daría la vida por él de ser necesario, al oír esto, Itachi le otorgó un poder desconocido a Naruto mediante un cuervo del genjutsu que se introdujo en la boca de Naruto.
Poco después, un clon de Naruto logró encontrar a Sasuke, Naruto al saber su localización le informa a su equipo y todos van en busca de éste. Después son interceptados por Tobi, Naruto impaciente lo ataca con un Rasengan pero lo traspasa. A pesar de los esfuerzos del equipo, no logran quitarse de encima a Tobi. Cuando Zetsu llegó al lugar para informarle a Tobi sobre la derrota de Itachi y la victoria de Sasuke, Tobi comentó que ya tenía en mente la victoria de Sasuke, después de esto Tobi se retira junto con Zetsu al lugar de batalla de los Uchiha, llegando ellos antes que Naruto y su equipo, llevándose el cadáver de Itachi y al malherido Sasuke. Obligados, Naruto y su equipo se retiraron de la búsqueda.
La Invasión de Pain
A su regreso a Konoha, Naruto se enteró de que Jiraiya había muerto en su batalla con el líder de Akatsuki, Pain. Naruto culpó a Tsunade de haberlo su maestro, meditando sobre el hecho de que él había querido que Jiraiya mandado directo a su muerte. Pasó el resto del día de luto por la pérdida de estuviera allí cuando el se convirtiera en Hokage mientras recordaba los mejores momentos que pasó a su lado (como cuando aprendió el Rasengan por primera vez). Después de ser consolado por Iruka y reanimado por Shikamaru tras ver aKurenai embarazada y escuchar los planes de Shikamaru para con el bebé, Naruto recupera los ánimos y ayuda a descifrar el mensaje de Jiraiya con ayuda de Shikamaru. Cuando el código se descifró, Naruto decidió ir a entrenar con los sapos para aprender el Senjutsu, sabiendo que Pain iba a venir por él.
Para obtener el Senjutsu, Naruto entrenó para entrar en armonía con la naturaleza, un proceso que se aceleró con una cantidad limitada de clones de sombra. Alcanzado un perfecto modo Sannin, algo que Jiraiya nunca fue capaz de hacer (como prueba, algunas partes de su cuerpo se iban transformando en las partes de un sapo). Debido a la armonización con la naturaleza no se puede hacer en medio de la batalla, Fukasaku trató de fusionarse con Naruto para poder reunir la energía natural para el uso de Naruto. Pero el Kyubi rechazó todos los intentos de Fukasaku, Naruto se vió obligado a buscar una alternativa: el uso de clones de sombra en un intento desesperado por aprender cómo obtener la energía natural mientras se mueve. Tras recibir la noticia del ataque de Pain en Konoha, no tardaron en llegar, y empezó la batalla.
Naruto, Fukasaku, Gamabunta, Gamahiro y Gamaken son invocados en el centro de la Aldea de la Hoja. Naruto, al darse cuenta de que Pain había destruido toda la aldea, enfurecido logra destrozar por completo al Camino Asura, quien estaba a apunto de atacar a Tsunade. Naruto le ordena aGamakichi que lleve a Tsunade a un lugar seguro, retirándola del lugar de batalla agotada.
Naruto, gracias a su súper fuerza logra dejar inactivo al Camino Preta dándole un golpe en la mandíbula. El Camino Animal invoca a un número de bestias para atacar a Naruto, pero este logra deshacerse de ellos con su gran fuerza y con dos Chō Odama Rasengan. Naruto en conversación con Pain (Deva), realiza su nuevo y mejorado jutsu; Futon: Rasen Shuriken, que con él logra destrozar al Camino Humano lanzándolo hacia él, expandiéndose cada vez más. Gamabunta encierra en su boca al Camino animal junto con Naruto, quien lo destroza con un Rasenrengan.
Después de haber usado una cantidad considerable de técnicas dejándolo sin chakra, Naruto sale del Modo Ermitaño, y Fukasaku se ve en la necesidad de invocar a los clones de sombra que estaban recolectando chakra natural en Myōbokuzan. Naruto, logra desaparecer un clon de sombra para revitalizarse, pudiendo una vez más transformarse en Modo Ermitaño.
Una vez más en el Senjutsu, Naruto vuelve a realizar su Futon: Rasen Shuriken, y lo lanzó al Camino Deva, pero es interceptado por el Camino Preta, quien se supone que y estaba muerto, pero logró absorber el Rasen Shuriken de Naruto en su estado. Naruto, una vez más realiza el Futon: Rasen Shuriken, el Camino Preta esta dispuesto a absorberlo, pero Naruto lo arroja al suelo, así yendo el ataque directo al Camino Deva, pero este mismo lo absorbe, no obstante, Naruto aparece detrás del Camino Naraka, y lo ataca con un Rasenrengan dejándolo inactivo, quedando sólo dos Pain.
A pesar de haber derrotado a cuatro cuerpos de Pain, Naruto es capturado por Deva con un Banshō Tenin e inmovilizado por Preta. para asegurarse de que Naruto no haga un movimiento en falso, le absorbe el chakra, pero por haber absorbido demasiado, este se convierte en sapo, petrificándose así mismo dándole la oportunidad a Naruto de escapar. el Camino Deva, al ver que Naruto logró zafarse, atrae a Fukasaku y lo traspasa con su arma matándolo, una vez más con un Banshō Tenin, logra someter a Naruto contra el piso, y lo inmoviliza perforándolo con el suelo. Pain le comenta a Naruto sobre su plan para traer la paz devuelta al mundo, pero Naruto le contesta diciendo que no es más que una mentira de paz.
Hinata acudió a salvar a Naruto, y en ese instante le confiesa su amor, pero en un intento de atacar a Pain, este la ataca, dejándola supuestamente muerta. Cuando Naruto la ve muerta, explota de ira y libera 6 colas del Kyubi. Naruto rompe el collar del Shodaime, y Pain usa el Shinra Tensei sobre él, pero Naruto lo revierte y Pain es lanzado con gran fuerza. Después, Naruto reúne una gran cantidad de chakra y la lanza contra Pain, dejándolo débil y viéndose en la necesidad de alejarse de la aldea. Ya alejados de la aldea, Pain realiza elChibaku Tensei, y logra atrapar a Naruto en una gran esfera de materia, pero aun así no logra detenerlo ya que Naruto sale de ahí con ocho colas liberadas. En un intento de liberar las nueve colas, Naruto es detenido por Minato Namikaze, quien aparece de repente en su subconsciente.
Minato reveló que el sello estaba preparado para que cuando las 9 colas estuvieran a punto de ser liberadas, él pudiera aparecer en el subconsciente de Naruto para detenerlo. Más tarde, Minato le confiesa que el es su padre, Naruto lo golpea y le grita porque selló al Kyubi en su propio hijo, a lo cual Minato le responde porque él sabía que algún día Naruto emplearía dicho poder para enfrentarse contra Madara Uchiha. Minato comentó que hace 16 años en el ataque del Kyubi, un hombre controlaba cada movimiento del Bijuu y que dicho shinobi pertenecía a Akatsuki y llevaba una máscara, Naruto rápidamente supo que se trataba de Tobi. También hablaron sobre el concepto de paz, Minato comentó que el odio dió lugar a Pain, un ninja que busca desesperadamente la paz en el mundo, y que solo Naruto podía traer la paz devuelta al mundo. Minato respondió que creía en Naruto y que él podía encontrar la respuesta, y restauró el sello, antes de desaparecer.
Al haber salido del Chibaku Tensei, Naruto pierde la transformación del Kyubi y regresa al Modo Ermitaño. Cuando Naruto logra vencer al Camino Deva, va en busca de Nagato. Al encontrarlo, Naruto admite que odia a Nagato, pero se contiene para preguntar como un aprendiz de Jiraiya fue a convertirse en lo que es ahora. Después de escuchar el pasado de Nagato y sus razones para desear la guerra, Naruto acordó sobre algunos puntos, pero rechazó la conclusión general sobre la base de que diferían los ideales de Jiraiya. Para romper el ciclo, le dice a Nagato y Konan que a pesar de odiarlos, no los mataría.
Sorprendido por la determinación de Naruto para su respuesta, Nagato le dice que creerá en él y que dejará todos sus sueños en él. Nagato realiza su Rinne Tensei y revive a todos los aldeanos de Konoha a costa de la suya. Naruto, ayuda a Konan a encontrar los cuerpos de Pain y Yahiko, para enterrarlos en la Aldea Oculta de la Lluvia. Konan, al afirmar que dejaría Akatsuki, le regala un ramo de rosas a Naruto, simbolizando su alianza.
La Reunión de los Kages
Mientras Naruto regresa a la aldea, Kakashi lo encuentra y lo lleva de vuelta. Fue recibido por el pueblo entero como un héroe. Poco después, se enteró de que Tsunade se había quedado en coma como consecuencia de la protección de los aldeanos por el ataque de Pain. Sakura trató de animarlo, pero sus esfuerzos fueron interrumpidos por la noticia de que Danzo Shimura a reemplazado a Tsunade como Hokage y ha ordenado que Sasuke sea tratado como un traidor al pueblo. Naruto y Sakura hablan con Sai, con la esperanza de aprender cómo pueden cambiar de opinión a Danzo, pero fueron incapaces de conversar a Sai. Sus preguntas ganaron la atención de dos Ninjas de Kumogakure, Karui y Omoi. Le dijeron a Naruto y Sakura sobre el trabajo de Sasuke con Akatsuki y exigió cualquier información que pudiera ser útil para matarlo. Sakura se negó a ayudarles, Naruto se ofreció, pero al final no se decidió a vender a Sasuke. Se ofreció hacer golpeado por Karui para que esta libere su enojo sobre él, Karui aceptó con gusto antes de ser detenida por Sai.
Mientras Naruto se recuperó de sus heridas, le preguntó a Yamato y Kakashi que lo llevaran a la Tierra del Hierro para que le pudiera pedir al Raikage que perdonara a Sasuke. Yamato y Kakashi aceptaron, pero cuando llegaron y hablaron con el Raikage, el Raikage rechazó su petición y recriminó a Naruto por defender a un criminal. Naruto se fue a un restaurante local para considerar qué hacer, donde se encontró a Tobi, quien le preguntó cómo pudo conseguir que Nagato cambiara de opinión. Naruto ignoró la pregunta y le preguntó sobre sus planes con Sasuke. Madara le contó sobre el Sabio de los Seis Caminos, elClan Uchiha y la verdad sobre la masacre del clan Uchiha, todo lo cual condujo a Sasuke por el camino de la venganza. Naruto insistió en que aún podía salvar a Sasuke, pero Tobi se río y se fue, diciendo que Naruto y Sasuke están destinados a luchar de nuevo.
Naruto comenzó a practicar el Modo Sannin, con la esperanza de ampliar el alcance de sus habilidades sensoriales y así encontrar a Sasuke Uchiha.Sakura le interrumpió, habiendo llegado a la Tierra de Hierro para hablar con él. Ella le dijo que lo amaba y que ella ya no tenía sentimientos por Sasuke. Él no le creyó y le dijo que estaba mintiendo, diciendo que él la conocía. Sakura enfurecida por esto, insistió en que era verdad y que por lo tanto no es necesario cumplir su promesa de traer a casa a Sasuke. Naruto dijo que su acción no tuvo nada que ver con la promesa y que él sólo quería salvar a Sasuke, Naruto le ocultó lo que había dicho Madara acerca del Clan Uchiha. Sakura sintió que Naruto estaba ocultando algo, Sakura se fue tras Sasuke.
Uno de los clones de tinta de Sai se acercó a Naruto, diciéndole a Kakashi y Yamato acerca de la decisión de Sakura de matar a Sasuke para evitar que Konoha entre a otra guerra. También apareció Gaara, quien les habló de la Cuarta Guerra Shinobi y la decisión de proteger a Naruto de Akatsuki. Cuando Gaara se fue, Naruto empezó a recordar todo lo que le había dicho Gaara y se desmayó y cuando despertó, descubrió que Kakashi había ido a tras Sakura.
Durante el camino, Naruto se dice así mismo que cuando lo vea los ojos sabrá que hacer. Naruto aparece justo en el momento en que Sasuke estaba a punto de matar a Sakura, siendo herido por la kunai que Sasuke arrojo en el proceso. Naruto trato de discutir con el Uchiha, pero Kakashi le replico que la responsabilidad de la huida de Sasuke y todo los sucesos derivados eran culpa suya y que el era el que debía parar a Sasuke, más Naruto se negó, agarrando por la espalda a Kakashi con un Kage Bushin. Sasuke no dudo en aprovechar la oportunidad para matar a Kakashi, pero su Chidori fue interceptada por el Rasengan de Naruto, tras lo cual ambos salen disparados en direcciones opuestas.
Con la aparición de Zetsu y Tobi, Sasuke decide irse, no sin antes escuchar de Naruto decir que si, siendo ambos shinobis de alto nivel, sabia lo que Naruto estaba pensando, declaro que su único contrincante era el y que cuando el momento llegara, solamente Naruto pelearía con el y que ambos moririán durante la batalla. Después de la partida de Sasuke, Naruto sonrió y parecía listo para regresar a Konoha, pero la kunai que Sasuke habiá usado era la que Sakura habia envenenado y Naruto, al ser herido, termino envenenado. Posteriormente, y una vez curado, se dispuso a marchar a Konoha con Karin y el resto del equipo.
El Confinamiento de los Jinchūriki
Cerca de su regreso a la villa, Naruto le explicó la situación a sus amigos. Cuando insistió en encargarse del asunto de Sasuke solo, Neji y Shikamaru replicaron que fue estupido no haber matado a Sasuke cuando estaba débil por su pelea con Danzo y los Kages, pero Naruto explico que, con su nivel actual, no podría matar a Sasuke. En lo que Shikamaru pidió a Naruto hablar con el, este se nego y se marcho a Ichiraku.
Cuando llego, fue informado por Sakura de que Tsunade estaba despierta y a salvo. Feliz por la noticia, se dispuso a comer, pero fue invocado inversamente al Monte Myōbokuzan, donde fue felicitado pro Shima y Fukasaku. Alli conocia al Gran Sapo Sabio, quien deseaba decirle su futuro. Profetizó que Naruto encontraria una criatura con tentaculos de pulpo y pelearia con un joven con gran poder en sus ojos. Entonces despues de escuchar la profecía, uno de los sapos presente llamado Gerotora le dice a Naruto que dentro de el se encuentra llave para liberar el sello del Cuarto, permitiendole asi a Naruto liberar todo el poder del Kyubi y completar asi un jutsu desconocido. Sin embargo, Naruto no parecía tener deseos de tomar la llave, así que Gerotora le dijo que habia un modo de controlar al Kyubi, alegando que Naruto necesitaba gran voluntad y un corazón fuerte y libre de odio para separar al Kyubi de su poder. Naruto recordo que cuando peleo contra Orochimaru y Pain, uso el poder del Kyubi debido a su rabia, hiriendo a Sakura en el proceso, prometiendose que nunca dependeria nuevamente del Kyubi para ganar, ya que no creía tener suficiente voluntad para controlar su odio. Pero se le fue dicho que necesitaria del Kyubi para combatir a Sasuke, a lo que acepto la llave es por eso que dicho sapo se oculto dentro del estomago de su nuevo poseedor. Entonces Fukasaku regreso a Naruto a Konoha, de vuelta a Ichiraku, solo para que le pidieran su autógrafo. Mas tarde en un la primera reunion de la Alianza Shinobi, decidieron enviar a los restantes Jinchurikis a una Isla del Pais del Rayo, en el barco Naruto fue compañado por Yamato, algunos ninjas de Konoha y Kumo. Pero en camino a su lugar de destino son atacados por un calamar que en pocos segundos fue derrotado por el pulpo que el Sabio Sapo había hablado. Poco despues de haberlos salvado se revela que el pulpo que los salvo era Killer Bee, el Jinchuriki del Hachibi.
Una vez que llegaron a la base de la isla, Naruto escucha por parte de Motoi que Killer Bee habia domesticado a todas las criaturas del lugar y que también fue el lugar donde consiguio dominar al Hachibi. Al oir esto, emocionado, Naruto le pide a Killer Bee que lo entrene, pero este se niega, a lo que Naruto responde haciendo una rima, lo que agrado a Killer Bee. Justo cuando iba a acceder, Naruto cometió un error al utilizar el Jutsu Sexy y Killer Bee nuevamente se nego. Despues Motoi le indica que Killer Bee sabe como es realmente el y que lo llevara a los lugares donde entreno este.
El primer lugar donde se dirigen es a Las Casacadas de la Verdad, el cual es un lugar que posee la habilidad de reflejar los verdaderos pesamientos de las personas. Al llegar Naruto se coloca en la pequeña isla del centro, en donde este empienza a escuchar la voz de alguien saliendo de la cascada, ahí se revela que la persona que hablaba era la verdad escondida de Naruto osea su yo interior. Despues de su oscuridad le reclamara las estupideses que ha hecho empienza a atacar rapidamente, pero el verdadero Naruto logra contrarestalos, la pelea se ve dificil para Naruto ya que el Naruto Oscuro posee las mismas habilidades que el haciendole imposible derrotarlo por eso decide salir de su mente.
Luego de haber despertado Motoi le explica que solo fue una ilusion y que no podria dominar al Kyubi si no lo derrota, entonces a Naruto se le ocurre la idea de que si el puede hablar con Killer Bee para que le diga algunos trucos. Pero este se niega ya que resulta que apesar de admirar al Hachibi el en algun momento de su vida intento matarlo. Despues de haber escuchado sobre el incidente de Killer Bee, Naruto decide meditar sobre las palabras que digo el otro Naruto, pero ahi aparece nuevamente el calamar gigante pero con Motoi atrapado, al ver eso el intenta ayudar pero por suerte el hombre pulpo pudo detenerlo. Al sabarlo, Motoi y Killer Bee volvieron a convertirse en amigos y compañeros, no solamente eso Bee cambia de opinion y ayuda a Naruto a lograr dominar a su Bijuu. Al volver a la Cascada cuando vuelve a encontrarse con su Oscuridad, ellos en vez de pelear empienza a hablar de tal forma que Naruto logran convenser a su Yo interior haciendo que se volviera en el Naruto original y desaparece. Despues de superar la primera prueba entra junto con su maestro a unos templos que se encuentran detras de la Cascada en donde Bee dijo que "Naruto se enfrentaria al Kyubi".
En este templo se encontraron con muchas estatuas sin cabezas debido a que representaba a todos los jinchuriki que no pudieron pasar la prueba, la cual se trataba de poner su cabeza en estatua que tenie la apariencia de un leon si la persona posee oscuridad en su corazon el leon le cortara la cabeza pero si la persona logra superarla no se la cortara, entonces naruto lo hace y logra salir vivo luego Killer Bee afirma que bromeaba y solo habia un interruptor y que las estatuas estaban rotas. Entonces en ese momento se abre una puerta de un cuarto, en el cual Naruto va a luchar contra el Kyubi. Cuando empienza el desafío naruto junto con la ayuda de Killer Bee, estos entran en la mente de Naruto donde este atraves de su sello y la llave abren las puertas que encerraban al bijuu, el hachibi intenta ayudar atrapando al demonio con su tentaculos para que Naruto pudiera sacar el chakra de la bestia con su propio chakra, pero no resulto. La ayuda de Killer Bee no sirvio de nada, por eso Naruto aun sigio luchando con el Kyubi, soportando los intentos del demonio en atrapar su chakra.
La pelea se vuelve dificil para Naruto ya que la bestia era muy veloz y poderosa haciendo que varios de sus intentos en derrotarlos fallaran, pero despues de haberle dado con su Rasen-Shuriken quedo debil permitiendole asi a Naruto atrapar el chakra del zorro. En ese momento el odio del Kyubi se infiltran en el chakra atrapado por Naruto causando que parte de el se volviera de nuevo Naruto Oscuro, en el momento en que iba a perder es salvado por su madre Kushina Uzumaki que aparece dentro su mente. Al principio Naruto, pensó que, Kushina era la " verdadera forma de nueve colas ", pero después fue golpeado por Kushina enojada, que luego se disculpó y dijo que esperaba que Naruto no consiguió su actitud irascible.
Naruto entonces cuenta de que Kushina era, de hecho, su madre y la abrazó. Con esto, la transformación de Naruto se detuvo, para gran sorpresa de Yamato y Killer Bee. Naruto y Kushina empezaron a hablar, con Naruto preguntando cómo Kushina y Minato se reunieron. Kushina le contó la historia a Naruto complementando su pelo y despues le dijo que lo amaba, para sorpresa de Naruto entonces se puso feliz. Cuando le preguntó cual fue el resultado de la union de "Rayo amaillo de Konoha" y " la Sangrienta Habanera roja", Naruto con orgullo respondió que él es el Hokage naranja de Konoha (木 ノ 葉 の オレンジ 火影,Konoha no Orenji Hokage).
Tras esto, Naruto finalmente vuelve a pelear una vez más, excepto que esta vez se siente feliz y como resultado, la energía oscura vertiendo en Naruto cambios en la luz y empieza a usar la conexión a la cabeza directamente para el nueve colas. En el exterior, Yamato cuenta de que la capa de zorro se está desvaneciendo alrededor de Naruto, y pide a Killer Bee lo que está pasando, para que la abeja simplemente replica que estará bien. Kushina le dice que su chakra no puede sostener la nueve colas durante mucho más tiempo y le dice a Naruto para sacar la nueve colas. Naruto hace varios clones Sombra y cargos en las Nueve Colas, formando Rasengans mientras corre. El nueve colas rompe las cadenas que le habían controlado, y Naruto y sus clones atacan a los nueve colas con su Rasengan Barrage. Los golpes de nueve colas en muchos clones haciéndolos desaparecer, pero Kushina utiliza la última cadena que ha otorgado a las Nueve Colas para tirar de él hacia atrás. Naruto y sus clones a continuación, escriba sabio Modo, y el ataque con Sage Arte: Gran Bola Rasengan. Al igual que ha empujado hacia atrás, muchos clones sacar el chakra del Nueve Colas como el Naruto original utiliza el estilo de viento: Rasenshuriken que finalmente derrota a los nueve colas como Naruto saca su chakra. Cuando el chakra se fusiona con Naruto, el sello tiene la forma del Sabio de los Seis Caminos. Naruto se cierra el sello de la jaula de los nueve colas, una vez más. Naruto entonces antes de salir de su mente le pide Kushina lo que va a hacer, a la que Kushina responde que ella va a la cabeza donde su padre dirige. A continuación, da una última pieza de conocimiento a Naruto, que era la anterior jinchūriki. Entonces su madre Kushina le habla de su país de origen y del Clan Uzumaki, y de como se convirtió en el Jinchuriki del Kyubi. Ademas le relato la historia verdadera detras del ataque del Kyubi.
Despues de haber escuchado toda la verdad, su madre le pide perdon por no estar con el para amarlo y cuidarlo pero Naruto responde que tuvo buenos momentos como jinchuriki esto hizo que ella se pusiera abrazar a su hijo por la alegría. Pero resulta que el tiempo se habia acabo causando que Kushina despareciera, haciendo que sus lagrimas de felicidad callera sobre de su amado hijo.
Luego Naruto feliz despierta y comenta que el chakra del Kyubi esta atrapado en un lado de su mente y al usarlo adquiere la forma del sabio de los seis caminos, en esta forma gana nuevas habilidades como expulsar energia que reacciona con la naturaleza o ser un mejor shinobi sensor hasta tal punto de sentir emociones, con la cual descubrio que Kisame estaba dentro de la espada de su maestro, es por eso que Naruto uso su super velocidad comparada con la de el cuarto hokage para golpear a Kisame, Kisame queda golpeado y trata de huir, Naruto queda atascado y el Hachibi va tras el. Mienstras se esta librando la pelea entre Kisame y Gai, resulta que Naruto despues de haber hecho su ultimo ataque causo que se rompiera el tobillo es por eso Yamato le hace unas tabletas. Cuando se siente mejor y decide acompañar a un grupo de ninja para perseguir a Kisame pero al ver que Gai estaba utilizando una de sus mas poderosas tecnicas tuvieron que ocultarse ya que iba a explotar, al llegar se dan cuentra que el Akatsuki fue derrotado, por eso deciden encerrarlo mientras uno de sus ninjas empienza a buscar en su mente algo de informacion, pero durante el proceso el enemigo logra liberarse.
Kisame al saber que no podia hacer nada utilizó su prision de agua en si mismo e invoca dentro de ella a sus tiburones, en sus últimos minutos penso en las palabras que le dijo Itachi en su primer encuentro. Entonces para evitar darles información este hace que sus invocaciones se lo coman matándolo, debido a esto Samehada se queda sola y se activa la trampa dentro del pergamino con la informacion haciendo que salgan unas prisiones de agua que atrapan a los ninjas, permitiendole a uno de los tiburones que también salieron del pegamino llevarse la informacion y asi poder darselo a su lider.
Cuarta Guerra Mundial Shinobi
Después de que Naruto y el resto saliera de la trampa de Kisame empezaron a evacuar a los animales de la isla al caparazón de la Isla Tortuga Gigante, ahí Naruto empieza a identificar cada especie de animal viendo si era hembra y macho ya que aun creía que era un misión rango S. Cuando estaba dentro del caparazón de la tortuga junto con los otros animales ellos empezaron a sentir el alboroto que había afuera por causa de Kabuto, Naruto pensó que el escandalo era un terremoto pero empezó a sospechar en el momento en que se invirtieron el cielo y la tierra debido a que toda la isla fue volteada.
Cuando todo se calmó quiso salir afuera pero no lo dejaron y también preguntó qué le había pasado al CapitánYamato (el cual habia sido secuestrado) ya que él tenía que irse a la pelea con Sasuke. En ese momento Killer Bee dijo que no estaba completamente preparado e inicia a enseñarle como aprovechar el chakra de su bijuu, el entrenamiento se trataba se apilar piedra haciendo que su chakra tomara forma de mano. algo un poco difícil para Naruto ya que es necesario un gran control pero al final logró hacerlo.
Más tarde Naruto es llevado a un lugar dentro de los templos detras de la Cascada de la Verdad para terminar la última fase de su entrenamiento, se ve que el sitio es aparecido a donde el ninja lucho contra el Nueve Colas pero este en vez de tener la imagen del Nibi en la pared tenía la del Hachibi. Entonces Naruto coloca su cabeza dentro de la boca de una estatua del Hachibi abriendo un cuarto secreto, ahí Killer Bee intenta enseñarle a su disipulo como transformarse en su Bestia con Cola completamente. Pero cuando Naruto intento hacerlo no resulto una explosion como dijo Killer Bee sino una implosion causando un transformacion incorrecta, en ese momento cuando Naruto cae cansado el Hachibi tomo el control sobre Killer Bee para hablar con el estudiante de su jinchuriki diendole los riesgos de usar el chakra del Zorro y también le aclaro que si no puede convertir en modo bijuu no podra hacer la Bomba Bijuu. Despues de que Killer Bee volviera a su estado humano, Naruto le pregunta que como podra hacer el Rasengan si no puede usar los Clones de Sombra mientra usa el chakra del Zorro pero le dijo que usara la táctica de su otro entrenamiento por eso genero unos brazos de chakra los cuales empiezan a formar unRasengan.
Sin embargo el Rasengan que estaba creado era muy parecido a la Bomba Bijuu del Zorro de Nueve Colas sorprendiendo a Killer Bee, ahí su maestro le pregunta quien le enseño ese jutsu en el momento en que dijo que fue creado por Minato Namikaze, el Cuarto Hokage, el jinchuriki dijo que de la misma forma que usa el Rasengan Naruto podra usar la Bomba Biju sin la necesidad de transformase completamente en el Zorro.
Después cuando Naruto estaba haciendo la bomba Biju, logra sentir el chakra del Kyubi cuando Kinkaku toma su forma de 6 colas y se distrae, incluso se lo comenta a Killer Bee. Después Naruto decide ir al baño y sale del templo, lo cual alarma a los ninjas que lo estaban vigilando, lo cual hace que dé la orden de detenerlo, luego aparecen Shibi Aburame,dos miembros del clan Akimichi y un miembro del clan Nara, Shibi le dice a Naruto que vuelva a su entrenamiento que tienen qué hablar, naruto pregunta por qué no pueden hacerlo afuera, luego de lo cual aparece Iruka para explicarle las cosas a Naruto.
Iruka le dice a Naruto que ha sido descubierta una nueva especie en la isla y que debe ser estudiada, pero Naruto lo interrumpió diciendo que hace rato sintió el chakra de Kyubi, pero Iruka le dice que la criatura tiene un chakra como el del Kyubi, y que podría reaccionar su chakra con el de la criatura y sería peligroso, por eso debe quedarse adentro, luego Naruto pregunta por Yamato, Iruka le dice que se fue a controlar la criatura, pero Naruto no le cree recordando que Killer Bee domesticó a todos los animales de la isla. Luego Naruto dice que se ocupará de la criatura y activa su modo Sennin, en ese momoento Shibi le ordena a sus insectos que vayan incógnitos tras Naruto, los dos Akimichi tratan de detener a Naruto y se le cae el protector pero es muy rápido, hasta que el Nara lo atrapó con su posesión de sombra. Luego Naruto empieza a percibir todas las peleas de la guerra y pregunta qué sucede, Iruka le dice que es la guerra y que Madara ha iniciado sus planes, Shibi interrumpe a Iruka pero le dice que es mejor decirle la verdad a Naruto. Luego Naruto le pregunta a Iruka por qué debería quedarse con los brazos cruzados mientras sus amigos están muriendo, Iruka le responde que están peleando para protegerlo, y que si Madara tiene al Hachibi y al Kyubi será el fin del mundo, y que están protegiendo el futuro. Luego Naruto le dice que terminará la guerra él mismo. Iruka lo regaña diciéndo que no era sólo su problema, Naruto le dice a Iruka que él fue el primero que lo reconoció, y por qué ahora no confiaba en él, Iruka le dice a Naruto que es como un hermano para él, y que no podía soportar la idea de dejar a Naruto sólo contra esos enemigos, que no tenía qué cargar con eso él solo.
Naruto le dice a Iruka que ahora es más fuerte. Iruka se dispone a devolverle el protector que se le cayó a Naruto pero luego Iruka utiliza una Barrera para detener a Naruto y le dice que no puede dejarlo ir, Naruto le dice que esa barrera no podrá detenerlo, activa el modo Kyubi y se libera de la posesión de sombra y de la barrera, luego Shibi ataca a Naruto con sus insectos para drenarle el chakra, pero el chakra del Kyubi es demasiado poderoso. Naruto se escapa y la división ordena perseguirlo. Cuando Naruto tiene de vuelta su protector encontró una nota de Iruka diciéndole que había ninjas de la Nube y de la Hoja para evitar que saliera de la isla y para retrasarlo, la nota finaliza con Iruka diciéndole a Naruto que vuelva sano y salvo. Ahora Naruto se dirige al campo de batalla.
Cuando Naruto se dispone a salir de la isla Tortuga, es atacado por una bomba bijuu de Killer Bee, pero en realidad era sólo para romper la barrera de 36 capas que había colocado el Equipo de Barreras y que le impedía salir, luego Bee le pide a Naruto que impulse su bomba biju, para atravezar el campo de fuerza mientras Bee lo rompía, así Naruto y Bee escaparon de la isla. Naruto tiene prisa por llegar y por eso toma la forma controlada de Kyubi, Killer Bee le dice que aún no es el momento, pero Naruto le dice que no tiene tiempo qué perder.
Después se le ve conversando con el Kyubi mientras el último intenta convencer a Naruto sobre prestarle su poder para la guerra pero Naruto dice que no caería en sus trucos, y el Zorro dándole una conversación sobre el odio y sobre como no pudo ayudar a Sasuke, pero Naruto dice que hará algo algo al respecto con Sasuke y con la guerra. Allí el Nueve Colas felicita a Naruto por defenderse él solo, entonces Naruto con su sonrisa le dice que algún día también haría algo con su odio, pero el Nueve Colas le dice que no fuera tan ingenuo ya que era el Zorro Demonio de las Nueve Colas una masa viviente de odio. A pesar de esto le dijo que mantendría su promesa y valdría la pena. Cuando se dirigían a la batalla, Naruto y Bee fueron interceptados por A y Tsunade, el primero regaña a Bee y les dice que no los dejara pasar.
Cuando A le dice a Naruto y a Bee que son unos tontos ya que están peleando para protegerlos, Naruto le dice que no quiere quedarse sin hacer nada ya que no quiere que ganen la guerra a costa de que el sea el unico sobreviviente, pero A le responde que todos piensan lo mismo pero aun así luchan y que no le de razones tan insignificantes. Entonces Naruto ataca al Cuarto Raikage pero es fácilmente repelido pero resiste el golpe sorprendiéndose de la fuerza de A, allí le pide a Tsunade que lo deje pasar pero ella le dice que como Hokage no lo puede dejar pasar, debido a esto Naruto a gran velocidad se coloca frente al Raikage y este le dice que es el shinobi más rápido ya que no esta el Cuarto Hokage y le dijo que escuchó de Jiraiya que Minato era el chico de la profecia pero que fue derrotado por el Kyūbi entonces Naruto se enoja y recuerda el sacrificio de su padre y grita que su padre jamás perdió y cuando iba a luchar con A, Naruto es salvado por Bee.
Luego Naruto encuentra un hueco en la defensa de A pero es repelido por éste varias veces, luego Bee golpea a A con uno de los tentáculos del Hachibi, A le pide ayuda a Tsunade para conmbatir, pero ella le dice que incluso si mata a Naruto y les consigue tiempo hasta que el Kyubi esté revivido, duda que su próximo jinchuriki sea capaz de controlar al Kyubi como lo hace Nauto ahora, y como aun no pueden predecir quien ganará la guerra, deben estar dispuestos a luchar con todo lo que puedan.
Después de que Killer Bee derribara a su hermano con el Lariat, dijo que eso que tenía antes de tener al Ocho Colas comenzó a brillar, y era tan grande y resplandeciente como el sol, que descubrió de donde venía su poder y por eso es el único que puede controlar a su Bestia con Cola, Bee dijo que Naruto también tiene un sol dentro de él, pero en realidad son dos. El Raikage la preguntó a Naruto que cuales son sus soles, Naruto respondió que son sus padres, A le preguntó que no murieron cuando nació, Naruto dijo que cuando Minato sello al Nueve Colastambién sello el chakra de Kushina, su madre, para que ella pudiera encontrarse con él cuando intentara control alNueve Colas. Después Naruto le dijo a A el incidente del ataque del Kyubi y lo de Madara, también Naruto dijo que él sería el único que podría detenerle. A le preguntó a Naruto que si Minato le confió el poder del Kyubi a él, así queMinato no era el salvador, después de todo. Naruto le respondió que no sabía si Minato pensaba en sí mismo como el salvador o no, pero Jiraiya le dijo que Minato era el chico de la profecía, el salvador. Después A le recordó a Naruto que le dijo que Minato está muerto, que si cree que eso no fue un error. Naruto le responde que sí, Minatomurió, murió con Kushina, para proteger a Konoha del enemigo y del Nueve Colas, y para protegerlo a él, fue solo un instante, pero en ese momento le dejaron muchas cosas, y todas esas cosas han hecho que Naruto crea en él, también se le confió la labor de ser el salvador.
Allí Tsunade y Killer Bee deciden dejar su confianza a Naruto y los dos le prenguntan A que pensaba él, entonces A responde atacando con su poder maximo utilizando su Puñetazo a Máxima Velocidad con la intención de matar aNaruto, pero cuando el Raikage estaba apunto de golpearlo Naruto esquivo el ataque convirtiéndose en la segunda persona en superar su velocidad. Debido a esto A lo deja pasar ya que según sus palabras el Salvador que esquivo por primera vez su puño sigue viviendo dentro de Naruto. Después de este encuentro con Tsunade y A, Shikaku Nara les comunica mentalmente a Naruto y a Bee sobre la batalla para que esten informados, luego de recibir el mensaje se encuentran con un grupo de ninjas que resultaban ser Zetsu difrazado por lo que Naruto demuestra su capacidad de detectarlo y derrotar a varios Zetsu Blanco con sus nuevas habilidades, durante la batalla Naruto invoca a Gamahiro para aplastar aun Zetsu Gigante y por último crea varios clones para ir a todos los campos de batalla.
Cuando Toroi estaba a punto de atacar a un ninja de Sunagakure con suElemento Magnético, Naruto lo detuvo con su Rasengan para después ser inmovilizado. Luego de haber derrotado a Toroi, él y Bee se topan en el camino con Itachi Uchiha y Nagato. Después de que se encuentran empiezan a conversar de como Naruto ha cambiado y que supero su odio. Allí Itachi lanzo su primer ataque el cual fue detenido por Killer Bee, luego tienen una pequeña pelea cuerpo a cuerpo mientras Itachi hace preguntas sobre Sasuke. Al escuchar las intenciones de su hermano, Itachi le pide a Naruto que no le diga a la aldea la verdad sobre la masacre de su clan y que se encarge de Sasuke. Más tarde Nagato uso su Bansho Tenin para atraer a Naruto hacia una roca pero este lo logro esquivar. Itachi siguio su pelea con Killer Bee, pero Nagato junto con sus invocaciones pelean contra Naruto en donde el último ataca a Cancerbero con un Rasenhuriken y cuando Naruto le advierte a Bee sobre cuidarse contra el Mangekyō Sharingan de Itachi hace algo que le saca el cuervo de su cuerpo que le había entregado antes.
Allí al principio Naruto no sabe sobre el cuervo pero después se recuerda sobre su encuentro con Itachi, gracias al cuervo Itachi se libra del control de Kabuto y ataco a su propio compañero Nagato usando el Amaterasu. Mientras Nagato y sus invocaciones eran quemadas por el Amaterasu, Itachi le explica que el cuervo tiene el Mangekyo Sharingan izquierdo de Shisui Uchiha y que le coloco el animal en su cuerpo porque quería usar el poder del animal contra Sasuke si llegaba a hacer una amenaza para el pueblo, por esa razón hizo que el cuervo reaccionara a su Mangekyo Sharingan si por casualidad su hermano se implantaba sus ojos para obtener el poder del Mangekyo Sharingan Eterno. Por esa razón apareció el cuervo al sentir el Mangekyo Sharingan de Itachi pero debido a que ya utilizo el Kotoamatsukami no podrá utilizar ese poder sino hasta dentro de 10 años. Naruto al escuchar a todo esto, le dice a Itachi que ya ha hecho mucho por la aldea y que ahora él se encargara pero de repente Nagato se recupera y ataca a Killer Bee y a Naruto con su Shinra Tensei enviándolos lejos. Luego de que Nagato absorbió el chakra de Bee, él uso el poder del Camino Humano en Naruto.
Mientras Naruto se da cuenta de que Nagato está haciendo estragos en su alma, él lo ataca con un Rasengan, pero Nagato absorbe la misma. Después de pedir a Nagato que le diga acerca de la técnica, se da cuenta de que estaba siendo totalmente controlado y desesperadamente se aferra a su alma para no ser removida y almacenada en el Rey del Infierno. Como B se mueve para atacar a Nagato desde arriba, él también termina atrapado. Ambos son posteriormente rescatados por Itachi con su Susanoo que había cegado el Camaleón y el Camino Externo. Naruto les explica las habilidades de Nagato a B y a Itachi; Nagato después utiliza Chibaku Tensei, a lo que Naruto dice que si se queda atrapado en la esfera sería su fin. Entonces Itachi les dice que ataquen al centro de la técnica para destruirla, Naruto utiliza su Elemento Viento: Rasen Shuriken que junto con la Yasaka no Magatama de Itachi y la Bomba Bestia con Cola de Bee efiectivamente, lo destruyen. Luego de que Nagato es atravesado con la espada de Totsuka, que comienza a ser sellado, Naruto hace a Nagato promesas de corregir los errores que había cometido él durante su vida como parte de la trilogía estelar, Nagato luego partió a la otra vida, dejando todo en manos de Naruto.
Luego de la despedida de Nagato, Itachi le dijo a Naruto que iba a ayudar a derrotar el Edo Tensei, y Naruto seria el encargado de luchar contra Madara, pero Naruto dijo que era su deber de detener la guerra por sí mismo. Sin embargo, Itachi le recordo que a pesar de que Naruto se había convertido en un poderoso ninja, no debe tratar de asumir todo por si solo y olvidarse de la gente a su alrededor, para que no sea un segundo Madara. También le dijo a Naruto que no es que al convertirse en Hokage iba a ser reconocido ya todos lo reconoces que se convertira en un gran Hokage. Naruto insistió en que Itachi podría venir a ver a Sasuke, pero él se negó y confio sus últimas esperanzas en Naruto para salvar a Sasuke y al mundo al final Itachi va buscar Kabuto y Naruto y su maestro se encaminan a la proxima batalla que posiblemente se en el sur.
Un clon de sombra de Naruto llega al campo de batalla y empieza a pelear contra Mu pero él evade el Rasengan Planetario, sin embargo gracias a la ayuda de Gaara y su arena lo ayudo de soporte para lanzar el Rasengan. Cuando Mu cayo al suelo, Onoki lo inmoviliza para que al final Gaara lo selllara. Luego de la victoria Gaara le reclama por que esta aqui pero Naruto le explico junto al viejoOnoki sobre lo que paso y después de dividirse Naruto llega y salva a Temari y a la división del Tercer Raikage. Allí Naruto usa el Elemento Viento: Rasen Shuriken junto con sus brazos de chakra pero el Raikage logro esquivar los dos primeros intentos. En el tercer intento, Naruto acertó el ataque pero se queda sorprendido al saber que el Raikage sobrevivió a la explosión de su jutsu. Después de esto, Dodai tomo a Naruto y lo llevo detrás del muro de tierra. Durante su conversación sobre la resistencia del Tercer Raikage, Naruto se da cuenta de que él tiene una cicatriz en el pecho y luego de que Dodaile dijera que fue causado por el Ocho Colas, Naruto decide usar la Bomba Bestia con Cola, sin embargo falla al crear dicha técnica.
El Raikage destruye la roca en que Dodai y Naruto se encontraban y cierra su puño en el que realizaba su Puñalada del Infierno: Cuatro Dedos Nukite, mientras se prepara para golpear a Naruto. Sin embargo, intercepta el ataque Dodai con la creación de una pelota que resive ante el golpe del Raikage. Creyendo que Dodai había encerrado a Naruto en la bola esta rebota y lo envió lejos, el Tercero persigue a la pelota. En ese momento Dodai se conecta con Inoichi Yamanaka quien le facilita a Naruto comunicarse con B y le pide hablar con el Hachibi para preguntarle como le habia hecho esa cicatriz al Tercer Raikage pero este le revela que no recuerda como ya que ambos cayeron rendidos y con sus jutsus en la mano, traz oir esto Naruto deduce como lo conseguio en aquel entonces. Después de conseguir capturar la bola el Tercer Raikage la corta por la mitad, se da cuenta de que está vacío y se dirigio a la posición verdadera de Naruto. A medida que avanza, se reduce el número de dedos utilizados en su técnica hasta llegar a uno consiguiendo una Espada de Final. Naruto en su estado Senjutsu es capaz de esquivar el ataque y golpea el codo del brazo que utiliza para su tecnica final con un Rasengan causando que su propio ataque se le revierta y se dirija al pecho del Raikage, igual como cuando pelio con el Ocho Colas. El Tercero termina atravezandose a sí mismo con el dedo. A medida que su cuerpo comienza a desmoronarse el Escuadrón de Sellado actúa de forma inmediata y sella su cuerpo.
Luego de sellar al Tercer Raikage, se ve a Naruto dirigiéndose con el resto de la Cuarta División hacia la pelea deGaara y Onoki contra el Segundo Mizukage. Al llegar se ve a Gaara sellando definitivamente al Segundo Mizukage, luego de empezar a reponerse la Cuarta División, el Naruto real verifica que todo esta bien gracias al reporte de su maestro Bee, mientras los otros clones de sombra ya llegan a los campos de batalla, en las Costas Noroestes delPaís del Rayo ayudando al Ino Shika Cho, a la Primera División, los refuerzos Segunda, Cuarta y Quinta División, en el País Helado, salvando a Hinata, a la Segunda División, y parte de la Quinta División y a la División Médica, también se lo ve con más clones suyos que aparecen para ayudar a la Tercera División, a los samurais de la Quinta División y la División de Protección Daimyo ya que este clon esta luchando con la Mitad Negra del mismísimoZetsu y que luego con la ayuda de Chojuro aparentemente lo derrotan; gracias al Héroe de Konoha el curso de la guerra cambia a favor de la Alianza y esta mejorando todo para salvar a todos, pero Mu esta apunto de invocar " La Carta de Triunfo de Kabuto".
El clon que está con la Cuarta División, se entera junto a Gaara y Onoki que una de las mitades de Mu está libre y que Madara Uchiha aparece como uno de los ninjas resucitados, enterándose también que el que se hace llamar Madara se dirige con los seis caminos del dolor hacia el Naruto real y Killer Bee. Todo esto deja la identidad de Tobi como una incógnita, luego de eso Madara por control de Kabuto los ataca con el Elemento Fuego: Gran Aniquilación de Fuego, Naruto libera más clones y se prepara para entrar en Modo Sabio, los clones de Naruto son atrapados por el Susanoo de Madara cuando intentan realizar unaSuper Gran Bola Rasengan, pero Gaara los salva con su arena, finalmente Naruto activa el Modo Sabio y le lanza a Madara, cuando fue sacado del Susanoo, un Elemento Viento: Rasen Shuriken pero este lo absorbe usando elRinnegan dejando perplejos a los shinobi. Después de eso Madara, en conjunto con su Susanoo, atrae un Asteroide al campo de batalla
Después de que el meteorito fue detenido por Ōnoki y Gaara, el segundo meteoro fue enviado a estrellarse en el primero, que hizo una enorme onda expansiva que devastó la división. Dodai protegio al clon de Naruto, diciendo que él era necesario para vencer al Uchiha. Como Madara intento de convocar aKurama, Naruto podía sentir un ardor de estómago y el Nueve Colas reconocio el chakra de Madara. Debido a esto el Nueve Colas decidio prestar su chakra a Naruto, ya que la bestia guardaba gran rencor al Ex-Lider de Clan Uchiha, pero la bestia dijo que prefiere ayudar a Naruto que ser manipulado por Madara de nuevo. A través de su chakra, el clon de Naruto fue capaz de crear más clones y respondió contra el Jutsu Secreto de Elemento Madera: Nacimiento de Árbolescon una serie de Gran Bola Rasengan. Después del asalto, el clon se quedó gravemente debilitado hasta el punto en que podía sentir que podía desaparecer en cualquier momento. Ōnoki le dijo que iba a hacerse cargo desde allí.
Gaara ayuda a lenvantar al Clon de Naruto debido a que se encontraba muy débil. En otro lugar uno de los Clones de Naruto estaba luchando con el Zetsu Negro, en donde intento usar contra el último su Rasen Shuriken pero el Akatsuki uso su Elemento Madera para evitarlo sin embargo no pudo evitar el ataque de Chojuro con su espada, por lo que Naruto reconoce la habilidad del espadachín. En el campo de la Cuarta División, Naruto y el resto iban a ser atacados por Madara y Mu, pero por suerte llegó A y Tsunade.
Tras el ataque de A y Mei para darle tiempo a Tsunade para curar a Onoki y a Gaara, el clon de Naruto le insiste varias veces que lo cure que él acabara con Madara pero Tsunade le dice que no hace falta y con Onoki, que afirma que ellos pueden vencer a Madara y al hacerlo sera el primer paso para parar el odio que los acecha, conseguirian la victoria. El verdadero Naruto recibe el mensaje y acepta esto más tarde este ve a Tobi y a sus Caminos y chocan preparandose para la tan esperada pelea.
Tras el choque entre los shinobi Naruto menciona que la mascara de Tobi es sorprendente resistente, tras ello Tobi se dirije a él diciéndole que quiere ver el poder del Nueve Colas y envia a sus Seis Caminos contra él y B, allí los ex-jinchurikis demuestran sus habilidades unicas y tras ello Naruto menciona que esos ojos son como los del Verdadero Madara y que la mascara de Tobi posee ahora dos agujeros, y cree que eso era aquello que escondia mostrando un solo ojo, B le pregunta a Naruto a que se referia con el verdadero Madara, ya que aun no estaba al tanto de la verdad tras Tobi, entonces Bee pregunta que quien es él entonces y Tobi responde "No soy nadie. No quiero ser nadie". Despues Tobi menciona que como Jinchūriki ellos debe comprender la miseria del mundo, Naruto mostró como estaba disgutado por las acciones de Tobi diciendo que no es tan malo poseer una Bestia con Cola y se compromete a quitarle la máscara. Entonces Tobi obliga a sus Seis Caminos a que saquen una de las colas de sus ex-Bestias con Cola.
Cuando Bee fue a atacar, Naruto intento advertirle sobre el jutsu de Tobi y luego de que Bee fallara en su ataque Naruto le explico que es igual al jutsu de los Seis Caminos del Dolor en donde ellos pueden compartir su visión. En ese momento Roshi ataca a Naruto mientras estaba cubierto de lava por lo que es atrapado por Bee antes de que este se cayera, cuando Bee nota el jutsu de Yugito Nii él se encondio con Naruto para planear una estrategia. Luego de descubrir que los Caminos de Tobi estaban siendo controlados por una estaca negra en el pecho de cada jinchuriki, Naruto es atacado de nuevo por Roshi y allí él usa un Rasengan pero cuando estaba apunto de destruir la estaca de Roshi, este último es salvado por una patada de Han.
Luego de que Bee se transforma en el Ocho Colas, Naruto se sostiene de uno de los cuernos de la bestia para poder soportar el poderoso Remolino de Viento del Ocho Colas. Después de que termina el ataque de Bee, Naruto le pregunta si sabe alguna técnica de sellado para poder atrapar a los Caminos de Tobi. Por lo que Killer Bee lanzo su Jutsu de Sellado: Contención del Pulpo, pero cuando Bee estaba apunto de completar su jutsu Tobi hizo que sus jinchurikis liberaran la Segunda Versión de la Capa Demoniaca. Al principio Naruto creyó que la técnica de Bee había funcionado pero fue todo lo contrario, allí se da cuenta queTobi estaba escondido bajo el suelo y envia a sus jinchurikis a atacar en donde Naruto es picado por Fu, arañado por Yugito y paralizado por Yagura. Cuando Bee es atacado por Han en su forma Bestia con Cola, Naruto, el cual estaba en la mano del Ocho Colas, fue atrapado por Tobi al ver esto Naruto intento detenerlo pero el Akatsuki colocó su mano en la cabeza de Naruto para terminar la pelea pero es interrumpido porKakashi y Gai los cuales empezaron a acompañar y ayudar a Naruto y Bee.
En ese momento Naruto se sorprende por la llegada de su maestro y Gai, por lo que le informa a ellos sobre como son esta vez los Seis Caminos del Dolor aunque Gai no lo entendio. Cuando creyeron que el Cinco Colas iba a atacarlos, Gai destruyo el coral de Naruto pero se dieron cuenta que en realidad fue a atacar a Tobi sin embargo antes de que la bestia fuera suprimida Killer Bee, el Ocho Colas y Naruto escucharon la voz del Cinco Colas. De repente el Nueve Colas empieza a conversar con el Ocho Colas dejando sorprendido a Naruto. Luego de la discución de las Bestias con Cola, Naruto se concentra en la batalla encargandose de tres de los seis caminos de Tobi. Sin embargo cae encima de Killer Bee (Ocho Colas) luego de que Roshi se convirtio en el Cuatro Colas, debido a eso Naruto pierde el Modo Controlado del Chakra Nueve Colas y desea hacer más clones de sombra pero Killer Bee le advierte que puede ser peligroso. Allí llega Roshi transformado quien levanta al Ocho Colas e intenta tragarse a Naruto, pero se resiste a ser comido utilizando el chakra del Nueve Colas.
Naruto finalmente es comido por el Cuatro Colas, sin embargo Naruto llega al subconsciente de Roshi en donde el Cuatro Colas se encuentra retenido. Allí los dos comienzan a conversar, en donde se revela que el verdadero nombre del Cuatro Colas es Son Goku y que el Nueve Colas en realidad de llama Kurama. Mientras hablaban, Son Goku dice que los humanos siempre lo han tratado a él y a las Bestias con Cola como fuente de poder. Entonces Naruto le explica que entiende un poco su dolor diciéndole que también él tiene un nombre, y que detesta que alguien como Tobi, el cual no se considera nadie, intente controlar a las Bestias con Cola. Cuando Son le pregunta entonces que desea, Naruto le responde que sean amigos al igual que Bee y el Ocho Colas pero este se puso a reír por tal comentario dándose cuenta que lo estaba diciente enserio. Después de toda esa plática, el Cuatro Colas le pide que retire las cadenas que estaba reteniéndolo para poder frenar su ataque.
Entonces Naruto le pregunta a Son que cómo lo van a hacer, pero este le respondio que antes de decirle debe saber que no confia en los jinchurikis y que no le asegura que va a ser su aliado, sin embargo Naruto dijo que no se preocupara ya que tenía una idea general de lo que iba a ser. Allí Naruto despierta en la boca del Cuatro Colas e intentar usar su Modo Control de Chakra del Nueve Colas para abrir la boca pero es inútil, por lo que crea muchos clones para que Son Goku estuviera obligado a escupirlo. Al salir intento seguir el plan de Son y empezo a buscar el receptor de chakra que estaba en el cuello de la bestia (antes estaba en el pecho pero cuando los jinchuriki se transformaban el receptor cambia de posición). Al ver donde estaba el receptor, el Cuatro Colas intento aplastarlo pero Naruto se salva al usar sus Armas de Chakra luego de activar de nuevo el chakra del Nueve Colas. Utilizando uno de sus brazos de chakra se acerca al receptor e intenta quitarlo, pero es atrapado por las cadenas de chakra. Mientras estaba atrapado, un Clon de Naruto que quedo dentro de la bestia entró en el Modo Sabio para empujar el receptor desde adentro.
El Clon empuja y saca el receptor del cuello del Cuatro Colas y el verdadero Naruto lo destruye con dos Rasengan, por ello Son Goku felicita a Naruto pero a su vez le revela que esta no era la forma de liberarlo sino de detenerlo, por lo que Tobi rapidamente invoca a la Estatua Demoníaca del Camino Exterior, pero antes Son Goku le dio un regalo de despedida a Naruto antes de ser encerrado, luego de que la estatua volvio a sellar a la bestia y dejar el cadaver de Roshi en el piso, y un muy deteriorado Naruto por lo que el Falso Madara fuerza al resto de sus Caminos a transformarse totalmente en su Bestia con Cola, mientras en el subconciente Naruto platica con el Nueve Colas y confieza que después de todo lo sucedido desde su batalla Naruto no considera más a Kurama una bestia, sino que uno de sus compañeros de Konoha, luego abrió la puerta que lo detiene, mientras se preparaban para enfrentar a los cinco jinchūriki restantes.
En eso Naruto recupera su forma controlada, pero las cinco Bestias con Cola restantes hacen cada una una Bomba Bestia con Cola, que arrojan a quemarropa, siendo imposible para Kakashi o Gai detenerlas, sin embargo Naruto logra desviar todas las bombas, ahora Tobi le ordena a las bestias atacar a corta distancia, a lo cual Naruto llega a un nuevo nivel de transformación y con el Rugido Sonico de Bestia con Cola las manda a volar, Kurama le advierte a Naruto que sólo puede durar alrededor de cinco minutos con esa transfomración, aunque Naruto afirma que es mucho tiempo; de vuelta a la pelea, primero salta sobre el Nanabi que estaba en el aire y va a golpearlo con el Sanbi, pero él lo esquiva rodando. En eso el puño del Kyubi se queda atrapado en la boca del Rokubi y está a punto de ser arrollado por el Sanbi, pero Killer Bee interfiere y lo detiene con los tentáculos del Hachibi, aunque lo deja vulnerable a ser corneado por el Gobi, sin embargo ahora le devuelve el golpe, aunque dejándolo vulnerable a ser golpeado por el Nibi, pero Naruto golpea al gato con el Rokubi desprendiéndoselo; el clon que Naruto había hecho previamente entra en Modo Sabio y localiza todas las barras que controlan a las Besitas con cola. Ahora Tobi reagrupa a las bestias y hace que todas concentren sus chakras en unaBomba Bestia con Cola enorme, Naruto responde a eso haciendo una bomba del mismo tamaño. Ahora ambos lados lanzan sus bombas al mismo tiempo.
La Bomba Bestia con Cola de Naruto durante la colisión atacó un poco por debajo de la otra Bomba Bestia con Cola cancelándose la dos técnicas, ya que poseían relativamente el mismo poder. Luego Naruto aprovechando la oportunidad hace que las colas de chakra de Kurama se vuelvan unos brazos que estrangulen e inmovilicen a las otras Cinco Bestias con Cola, en donde había un clon de Naruto en cada uno de los brazos para intentar quitar las barras. De repente cuando el Modo Bestia con Cola de Naruto estaba por acabarse, él aparece junto con Kurama en un espacio con las otras Bestias con Cola y sus jinchuriki, aclarando Kurama que este era un nuevo nivel de subconsciente en donde no puede entrar Tobi. En ese momento los jinchurikis revividos aparecen que estaban esperando a Naruto y ahí Yagura empieza a hablar con Naruto, cuando de repente este último empieza a llorar porque creía que Yagura había muerto muy joven y sin besar a una chica. Pero Yagura dice que es adulto y era un ninja muy poderoso, en ese momento Kurama interrumpe diciendo que Naruto nunca ha besado a una chica solamente beso alguien pero fue a Sasuke. Mientras Naruto estaba intentando olvidar el comentario de Kurama, Yagura le dijo que era tal y como había dicho el Cuatro Colas por lo que Naruto supone que estuvo con ellos antes de ser absorbido. Cuando Utakata dice que están aquí reunidos a petición del Cuatro Colas, Naruto se alegra de que todos se estaban llevando bien respondiendo Han que fue gracias a él. Después de esto, los ex-jinchurikis y sus antiguas Bestias con Cola cumplen su promesa diciéndole a Naruto sus nombres y luego chocando sus manos con él. Naruto luego de que terminara su conversación, en el mundo real termina de arrancarles las barras a las Bestias con Cola y se deshace la transformación de Naruto. Al final, Naruto dice que las cosas han cambiado ya que se ha aprendido muchos nombres distintos a la vez.
Tobi se pregunta cuáles, pero él no le dirá nada a alguien como él, Gai y Kakashi ven con orgullo como es que Naruto crecio tanto haciéndolos parecer a ellos los viejos, pero Tobi empieza a inquietarse de ver lo poderoso que es el genin que menospreciaba ya que esta batalla para el es sólo un juego y se está convirtiendo en una batalla épica y sin saber ellos que toda la Alianza que va en marcha a la batalla y el mundo está conectado con los poderosos sentimientos de luz del Salvador del Mundo. Más tarde, ve como todos lo cadáveres de los Jinchuriki empiezan a desaparecer y se alegra al ver que Itachi logró detener laResurección Impura, asumiendo que en todos los campos de batalla los cadáveres desaparecieron.
Luego, se prepara para enfrentar a Tobi, mas tarde se observa a la estatua siendo golpeada por Kakashi, Gai yKiller Bee transformado por completo en Gyūki, junto con Naruto en la cual los Jinchurikis lo golpean fuertemente lo que la envía varios metros hacia atrás cayendo justo delante de Tobi, Naruto entonces incita a Tobi, diciendole que se saque la mascara, asi demostrar que estaba cansado. Luego Tobi, en respuesta, invoca la Kohaku no Jōhei y laBenihisago para sellar el chakra de Kurama de Kinkaku y Ginkaku en la estatua quien devora ambas armas, ya con una porción del chakra de las Bestias con Cola que le faltaba, la Estatua ruge y abre sus Nueve Ojos.
Resurrección del Diez Colas
Después de que la estatua consumio el Kohaku no Jōhei y el Benihisago, Naruto cambia con Kurama para que explique que una parte de su chakra estaba en los tesoros, y que la resurrección completa del Jubi sería el fin del mundo y explica lo peligroso que es. Tobi dice que la resurrección del Jubi no tiene qué ser completa para cumplir sus propósitos. Naruto vuelve a cambiar con Kurama y le dice a Tobi que tenía un padre, una madre y a Jiraiya, que ese fue el motivo por el que pudo seguir adelante y que se convertirá en un Hokage que superará a los de las generaciones previas, luego Naruto trata de atacar a la Estatua Demoníaca del Camino Exterior con un Rasengan pero Tobi lo detiene con su Abanico de Guerra, entonces Naruto dice que primero tendrá qué golpearle la máscara, a lo cual Tobi responde que no les permitirá tocar a la estatua.
Naruto comienza el ataque creando un Clon de Sombra y procede a crear unSuper Mini Bomba Bestia con Cola pero Tobi vence al clon y se vuelve intangible escapando del jutsu y cuando está por hacer contacto con Naruto Gai llega al rescate con sus Sōshūga haciendo que Tobi se vuelva una vez más intangible pasando a través de Naruto, comenzado a batallar con Gai hasta que Naruto lo vuelve a atacar pero esta vez Tobi lo esquiva y lanza su Gunbai para proteger a la Estatua del Kamui de Kakashi. Tobi reaparece atacando a Naruto, quien lodetectó previamente, y lo esquiva hasta ser atacado por el Abanico de Tobi e inmovilizado para que el Akatsuki lo venza, pero recibe la ayuda de Kakashi que le lanza un Kunai electrificado a Tobi obligándolo a volverse intangible, dándole la oportunidad de escapar pero Tobi le lanza el mismo kunai, el cual Kakashi elimina con el Kamui, Naruto vuelve a atacar pero Tobi vuelve a esquivar, finalmente se junta con Gai y Kakashi esperando el proximo movimiento.
Luego de ver la minima grieta en la mascara de Tobi Gai felicita a Naruto por lograr atacarlo, pero Kakashi advierte que el golpe de Naruto no lo toco y que mas bien esa grieta era un corte, por lo que Kakashi crea una estrategia, B los arroja rapidamente y Gai ataca a Tobi con sus armas pero rápidamente el hombre enmascarado se dehace de ellas, pero esto era una distracción para que Naruto lo ataque con su Rasengan, Tobi vuelve a hacerse intangible para que el jutsu lo atravieze limpiamente pero al parecer se disipó antes de llegar a la manga derecha de Tobi entonces una vez que Naruto lo atravezo completamente el brazo derecho de Tobi sufre una especie de quemadura. Una vez de pie, el hombre enmascarado se dio cuenta de que Kakashi había enviado el Rasengan a la otra dimensión mediante su Kamui.
Naruto más tarde escuchó con sorpresa como Kakashi explica los mecanismos que subyacen a la técnica de Tobi. Confuso en cuanto a por qué el kunai hizo una marca, pero su golpe no lo hizo, Kakashi le explica a Naruto para darse cuenta de que esto era lo que su Rasengan hizo así. Cuando Tobi reprendió Kakashi, Naruto interrumpió diciendo que no iba a renunciar a sus sueños, no importa lo que pase. Cuando Tobi comenzó a castigar a Naruto, así, el joven cambió de lugar con Kurama que le dijo a Tobi en lugar de Naruto que no iba a perder, no importa qué. Con esto se entró en el Modo de Bestia con Cola y se fue contra Tobi.
Naruto ataca a Tobi creando un mano gigante de Armas de Chakra de Bestia con Cola aplastando a Tobi pero este se vuelve intangible y pasa a atacarlo, lanzando Shurikens Gigantes desde su ojo derecho, diciendo que es tonto atacarlo solo. El Ocho Colas detiene la mayoria de ellas con sus tentaculos, excepto una que Naruto frena al crear la cabeza de Kurama, entonces le dice que no está solo, que tiene a Kurama, B y Gyūki, además de Kakashi y Gai. Tobi lanza unas estacas desde su ojo conectadas a unas Cadenas de Chakraque se incrustan en Gyuki, Naruto le pide entonces que lo cubra un rato. Él crea un clon de sombras creando un Rasengan, mientras el original prepara unaBomba Bestia con Cola mientras que el clon se lanza para atacar a Tobi, cuando Kakashi usa el Kamui para enviar a otra dimensión el Rasengan, Tobi le lanza una estaca, con ello aparentemente se deshace el clon, entonces Naruto lanza la Bomba Bestia con Cola, Tobi se refugia en su intangibilidad, enviando todo su cuerpo a su dimensión, pero entonces el clon de Naruto sale con un Rasengan, ya que Kakashi no buscó teletrasportar el Rasengan sino a todo el clon, golpeando a Tobi en la cara, destruyendo la máscara en piezas. Tras el duro golpe que le dio al enmascarado, se le puede ver la cara, estando impresionado (aun sin saber quien era) al ver que es el mismísimoObito Uchiha.
Cuando Kakashi comienza a interrogar a su ex compañero de como sobrevivio, Naruto le anima diciendo que no es momento de ponerse deprimido, que lo que paso entre Obito y Kakashi lo escuchara mas tarde, y que en ese momento se deve evitar que cumpla su plan, Kakashi sigue con la cabeza bajada y Gai le recrimina que Naruto tiene razon y que el mundo esta en sus manos, es cuando Obito con su Sharingan utiliza el Elemento Fuego: Danza Salvaje pero Naruto lo detiene con las colas de Kurama cuando se ve una explosión que luego revela esMadara Uchiha que ha llegado y le dice a Obito que parece que se esta divirtiendo.
Después de ello Naruto y los demas quedan sorprendidos por ver al ex Lider Uchiha aqui y le pregunta que pasó con el resto de los Kages y Madara le contesta que ellos tal vez no se encuentren muy bien, ya que en realidad los Kages se encontraban inconscientes, gravemente heridos y con posibilidad de muerte, a continuación Naruto les lanza las estacas que retenian al Hachibi y Obito le devuelve el Abanico de Guerra a su respectivo dueño quien en combinación del Susanoo resiste el ataque, entonces Madara habla con Obitode el porqué ha iniciado el Plan Ojo de Luna por la mitad sin absorber al Ocho yNueve Colas, diciendo que aun así estaba seguro que tenía un plan, luego pregunta por Nagato, y Obito le dice que los traicionó. Entonces Naruto ataca a Madara y este lo detiene usando su Regreso del Abanico resultando ser un clon de sombra, entonces manda a Obito a encargarse de Kakashi y Gai, él en cambio de las Bestias con Cola.
La batalla de Naruto y Madara continua, y Naruto, como hijo del Cuarto Hokagese niega a perder, Madara afirma que iba a ser tolerante trantandose de un Jinchuriki completo y crea un Dragón de Madera, para atacar a Naruto quien responde liberando el manto total de Kurama, yendo al choque violento de las dos enormes criaturas.
Naruto se encuentra en problemas, el Dragón de Madera de Madara lo tiene aprisionado y succionando su chakra pero este sigue luchando sin importar que.Madara se dispone a poner orden en el campo de batalla activando su Susanooa la vez que Obito apunta con una Shuriken a Kakashi, Naruto utiliza el Jutsu Clon de Sombra justo cuando Madara y Obito atacan a la misma vez provocando una explosión en el area, luego Naruto salvó a Bee y Kakashi y dijo que ya no permitirá que maten a sus amigos. Kakashi habla a Obito a quien le dice que lo que él le dejó esta justo ahí, lo que puede hacer ahora es proteger a Naruto.
Obito despues de halagar el ojo de Kakashi, atrapa a Naruto con el mokuton y se lanza sobre el primero tratando de absorberlo, pero Naruto golpea su cabeza contra la de Tobi salvando a su sensei y diciendo que "el es como yo". Por otra Killer Bee le comenta a Naruto que él se haría cargo de el escudo que mantenía a salvo al Jubi, que él se encargue de Obito, que en esos momento sonriendole a su adversario le dice que ya puede ver con claridad, ¡su sufrimiento! Obito enfadado se lanza al ataque, Naruto piensa que si Kakashi vuelve a ser absorbido no podrá salir del Kamui, y es cuando Kurama le dice a Naruto que cambie con él, Naruto duda unos segundos pero al final acepta, en la batalla, Naruto-Kurama le dice a Kakashi que le dé la mano transmitiéndole Chakra y lanzándolo contra Obito, que lo absorbe, Naruto se queja de la acción de Kurama, pero él le dice que ahora puede luchar en serio, y Naruto usa el puño de Kurama para atacar a Obito que utiliza el Kamui y se ve que le afecta el ataque, sorprendido no entendí a lo que pasa, Kurama se lo explica, Kakashi desde la otra dimensión golpea las partes que Obito manda a ese lugar para protegerse de los ataques, el sensei vuelve al mundo real. Cambiando de escena, se ve a Gyūki y a Kurama utilizando una Bijudama combinada, que lanzan contra el Jubi, después de una explosión y un terremoto, ven que el Chakra de Gedo Mazo había desaparecido, se alegran por un momento, Kakashi pregunta si es el fin, pero Obito le contesta que sí, el fin del mundo haciendo aparecer al Jubi.
Todos se sorprenden por la aparición del Juubi, Madara y Obito se colocan sobre su cabeza. Naruto exclama que el chakra maligno del mazou ha desaparecido, a lo que Kurama le explica que esa cosa no tiene sentimientos o ideales que su chakra es natural. Al querer comprobar eso activa el Modo Ermitaño, Kurama le dice que no puede medir lo que no es medible dándose cuenta que era imposible medirlo. Madara y Obito conectándose al Jūbi comienzan a discutir si tendrían que empezar el ritual del Tsukuyomi Infinito o deshacerse del enemigo. El Juubicon el movimiento de una de sus colas destroza parte del terreno y levanta una gran humareda mientras Kurama aprovecha para administrar chakra a Gai y Kakashi mientras Kurama los coordina para preparar una estrategia el Jubi aparece ante ellos desplazándolos de un manotazo estos se dan cuenta de que es realmente rápido y preparan un contraataque, el Juubi utiliza su Bomba Bestia con Cola aprovechándose de este momento Kakashiutiliza el Kamui para desplazar a Gyuki y a Bee a la Otra Dimensión. Naruto lanza a su clon y a Kakashi hacia el Jubi para así hacer reaparecer a Gyūki y Bee sobre el ojo del Jubi con una Bomba Bestia con Cola.
Jubi logra repeler el ataque sorpresa y lanza la Bijudama hacia Hachibi, Madara se percata de la presencia de Kakashi y Naruto el cual hace que Jubi atacara con su cola a ambos, pero Naruto lanza lejos del ataque a Kakashi para salvarlo, Naruto recibe el impacto pero era un Clon de Sombra, el chakra de Kurama se agota y le pide a Naruto que gane tiempo mientras el crea y acumula más. Naruto se ve obligado a utilizar un ultimo recurso haciendo el sello del Jutsu Multiclones de Sombras, Madara le replica que lo unico que hara es multiplicar su imcompetencia, Obito le explica que no funcionara de nada y al final Naruto y todo el mundo se parecera a él, Naruto exclama que el nunca sera como Obito, él sera Hokage, Obito le explica que no hay un jutsu mas poderoso que su Tsukuyomi Infinito y lo hara Hokage en este haciendo que el Jubi lance una enorme Bijudama pero esta es desviada por un Shintenshin en conjunto del Clan Hyuga que llega junto a los demas miembros de la Alianza Shinobi a ayudar. Naruto junto a todos proclama que ahora ya no son un multitud desordenada, que ahora son la Alianza Shinobi y que el "Jutsu Gran Alianza Shinobi " es el jutsu mas poderoso que ha existido en el mundo ninja y que puede ganar contra el Tsukuyomi Infinito.
Después de una breve charla con Obito, Naruto le preguntó a Shikaku, a través de la técnica de telepatía de Inoichi si él había ganado tiempo suficiente, lo que el estratega respondió de manera afirmativa. A medida que la Alianza Shinobi aparentemente logra atrapar al Bestia de Diez Colas con su estrategia de batalla, Naruto entra en Modo Sabio y se prepara para atacar a los Uchiha con un Rasen Shuriken. Arroja el Rasenshuriken como lo planeado, mientras él y el otro ataque aliado Shinobi sólo para ser rechazados por la bestia surgiendo en su forma madura, envía a Naruto y varios otros a volar de vuelta. Naruto se levanta y se queda en estado de shock a la bestia, y advierte que su brazo izquierdo se dislocó por el impacto. Los miembros del Clan Hyuga deciden proteger a Naruto del siguiente ataque del Diez Colas, entonce Obito usa el jutsu Elemento Madera: Jutsu Corte de Rama haciendo que el Diez Colas dispare estacas de madera por sus colas matando a varios Shinobi, Hiashi y Neji Hyūga usan su Rotación Celestial de los Ocho Trigramas para repeler las estacas pero son demasiadas, entonces Naruto arroja un Rasen SHuriken para ayudar, sin efecto alguno ya que las estacas siguen llegando, los clones de Naruto arrojan dos Rasen Shuriken para ayudar inútilmente, Hinata se interpone para proteger a Naruto pero es Neji el que recibe el ataque, dice sus últimas palabras y muere en los brazos de Naruto con una sonrisa.
Tras la muerte de Neji Hyūga. Naruto aun sorprendido por su muerte. Obito le alega a Naruto que no pudo cumplir su palabra mientras observan el "Paisaje de muerte", que sus palabras y principios eran débiles y que las muertes iban a continuar. Entonces Obito le explica a Naruto que no tiene nada en esta realidad y que nadie que le reconociera iba a sobrevivir. Madara revela que Obito se ha vuelto como solía ser él y que Naruto iba a ceder. Incluso Obito fue tan lejos como para invitar a Naruto a unirse a él y completar el plan ofreciendole su mano.
En ese momento Hinata le toca el rostro a Naruto explicándole que sus palabras no eran mentira y su vida no era la única. También le explica que Neji había ido tan lejos por esos mismos principios e ideales, por esa misma razón las vidas de todos estaban "conectadas" y que eso les hacía compañeros y que abandonar esas palabras sería la verdadera forma de matar a sus amigos. Después de eso se le puede ver a Naruto en su subconsciente y un Kurama alegando que su vida no era la única y preguntandole que si se había olvidado de él. A pesar de lo que Kurama dice Naruto aun está dudando. Entonces Kurama sugiere que lo comerá entero. Después le explica que desde que nació ya estaban ligadas a él dos vidas, la de sus padres. Naruto después acepta las palabras de Hinata y le toca la mano y le agradece. Entonces Naruto reactiva su modo chakra kyuubi en su segunda forma al lado de Hinata. Diciendole: "¡¡Vamos Hinata!!". Luego de que Naruto habla con Kurama. Hace tres clones de sombras para transferir el chakra del Kyubi a todas las familias, sobre todo los clanes Yamanaka, Nara y Akimichi, para fortalecer sus técnicas. Después de que Naruto dice que quiere mantener a Neji en su corazón, le transfiere el chakra de Kurama a Rock Lee, que acaba de recuperarse de la muerte de su amigo, Naruto le transfiere el chakra a Tenten y Kakashi, luego se prepara con la Alianza Shinobi para el gran contraataque, Madara ataca con las colas del Jubi pero los guerreros usan sus atauques para contrarrestarlo, ahora se preparan para atacar empezando Naruto con uno de los dos Rasen Shuriken cortando dos de las colas del Jubi, seguido por la Formación Ave Fénix de toda la Alianza Shinobi, Naruto se prepara para el siguiente ataque pero su hombro izquierdo aun sigue dislocado hasta que Hinata lo pone en su lugar, Naruto arroja el otro Rasen Shuriken a Obito mientras Rock Lee patea a Madara, el Rasen Shuriken pasa a través de Obito sin dañarlo pero logra cortar su vínculo con el Diez Colas, luego Naruto dice que al contrario de él no quiere cortar los lazos que ha creado y tampoco quiere que los otros corten sus lazos con él. Madara, Obito y el Jubi continuan con la batalla, contraatacan con dos poderosos jutsus de elemento fuego, pero gracias al chakra de Naruto los demás salen ilesos de los distintos ataques. De repente Obito utiliza Kamui y aparece encima de Naruto para capturarlo pero este lo esquiva atacando al Uchiha pero este vuelve a utilizar Kamui y se escabulle de sus manos. Madara al darse cuenta de que Hashirama fue resucitado decide acabar de una buena vez con todo y corta el lazo que retenía al Jubi quien se prepara para realizar una poderosa técnica, Kurama advierte a Naruto sobre las intenciones del Jubi, justo cuando Kakashi se disponia a desaparecer al Jubi es interceptado por Obito, ambos utilizan Kamui y se transportan a la otra dimensión. El Jubi libera todo el chakra que estaba acumulando y manipula su entorno creando diversos desastres naturales que devastan el campo de batalla. La titánica técnica del Jubi deja el campo totalmente devastado, pero gracias al chakra de Naruto todos sobreviven sin muchos daños pero Naruto queda muy lastimado y cansado luego de utilizar tanto poder, su capa de chakra de Kurama desaparece, el chakra que protegia a todos por igual, Madara se disponia a atacar pero Naruto es protegido por los miembros de la alianza que unidos haran frente a sus rivales. El Jubi abre su estomago y crea una gigantesca Bomba Bestia con Cola, Naruto solo observa la situación mientras es curado por Sakura, Shikamaruidea un plan para poder contraarestar el ataque, le pide a Kitsuchi que le enseñe los sellos de alguna técnica defensiva de elemento tierra facil para crear muchos muros pequeños y contener el ataque también pide a Bee que utilice una Bomba Bestia con Cola para desviar un poco el ataque, con la ayuda de Ino les informa a todos el plan, la Alianza Shinobi realiza su defensiva intentando contener el poderoso ataque del Jubi pero ninguno de los esfuerzos da resultado. Pero justo en el instante que iba a impactar, el ataque se desvanece gracias a la Barrera Espacio-Tiempo de Minato quien aparece en el campo de batalla en el momento indicado para salvar a todos.
Tras reencontrarse con su padre; Minato, este último le pregunta si Sakura y el son pareja, a lo que el Uzumaki responde que si, causando la ira de su compañera. Más tarde, cuando llega Sasuke, el Uchiha afirma que tiene intenciones de convertirse en Hokage, (Naruto piensa en las palabras deItachi) y le recrimina que el será el próximo Hokage. Ambos se ponen en primera línea de batalla, pero Sakura se interpone afirmando que ella también luchará con ellos, dando a conocer, el Renacimiento del Equipo 7.
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